影之刃3的副本分布在游戏多个核心区域，其中谢园副本需要完成主线任务寻找谢园入口并获取破解机关图纸，同时要求角色等级达到40级以上且解锁夜影职业。前置条件还包括通关水晶洞穴副本以获取暗道入口，并击败谢园外围的守卫怪物。该副本入口附近设有需要激活的神秘符文和隐藏机关开关，这些元素共同构成了副本的开启机制。副本内部分为多层结构，每层怪物分布和打法策略各不相同，需要针对性应对。
游戏中的虚空裂缝深层是刻印材料的主要获取地点，包含多个专属副本如黑暗的恶意之境纯白的痴人之境等。不同副本对应不同属性的刻印掉落，例如撕裂刻印在苍蓝的贪婪之境掉落，混沌刻印则需挑战粉嫩的爱恋之境。玩家需根据刻印掉落表规划每日体力消耗，优先刷取符合自身职业需求的副本。明眸皓齿之境作为虚空裂缝最后一层，需要消耗12点体力进入且难度较高，建议战力达到3.5万以上再尝试挑战。
特殊副本如玉砌雅间需要完成系列前置任务食指的邀请，依次挑战城南郊、红叶寺等七个地图，并通过武林湮灭难度考验。而梅花林副本则需要收集梅花钥匙、古朴令牌等关键道具，这些道具通常隐藏在其他副本深处或通过解谜获得。部分副本如魔罪狂属于限时活动副本，包含以身降魔、罪业熔炉等三个关卡，每个关卡有独特的首领机制和奖励体系，需要根据活动周期合理安排挑战顺序。
团队副本采用九人协作机制，要求试炼等级达到65级方可进入。战斗分为两个阶段，玩家需分成三组同步应对不同首领，且每个战斗环节存在两分钟时限机制。副本中的魔天首领每五个攻击回合会触发90%伤害减免效果，需要掌握输出节奏。游戏内马车旁的鸟笼可查看组织任务，完成日常任务和成就可获得体力补充，这是维持副本挑战频率的重要资源保障。
游戏通过主线剧情自然引导玩家接触各类副本，25级解锁的虚空商店可购买副本钥匙等必要物资。支线任务如尘封往事系列能解锁每日元宝奖励，为副本挑战提供资源支持。副本难度梯度设计明显，从初期的青石道、横断萧蔷到后期的万魔罪体、正道陨落，需要逐步提升装备强化等级和心法搭配。游戏内妙手小张商店可获取过渡装备，而高阶装备则需要通过里武林等副本刷取。
